Todos los eslabones de la cadena (organizaciones de productores, exportador, importador, empresa transformadora y empresa usuaria del Sello) deben estar registrados en FLO Cert. para poder realizar su seguimiento y ofrecer garantías al consumidor. Serán objeto de controles administrativos y controles físicos en su actividad comercial.

• Controles administrativos: las entidades registradas entregan un informe trimestral de sus transacciones de productos. Éste refleja el stock, las compras y las ventas, la producción y los pagos efectuados. Se cotejan los datos del volumen de compras y las ventas desde el principio al final de la cadena. Cuando los informes coinciden se da el visto bueno al conjunto. Además cada año unos auditores de cuentas se encargan externamente de controlar estas declaraciones
• Los controles físicos completan el dispositivo de control. Un auditor efectúa visitas a todos los actores implicados. Gracias a procedimientos bien definidos se obtienen resultados objetivos y comparables, cuantitativa y cualitativamente